На правах рекламы:
ISSN 0236-235X (P)
ISSN 2311-2735 (E)

Авторитетность издания

ВАК - К1
RSCI, ядро РИНЦ

Добавить в закладки

Следующий номер на сайте

2
Ожидается:
16 Июня 2024

В ООО «Новые вычислительные системы в биологии» совместно с Институтом систем информатики им. А.П. Ершова СО РАН разработана библиотека для поиска сайтов связывания с транскрипционными факторами

14.03.2012

Регуляция генной экспрессии (производства РНК) на уровне транскрипции (считывания РНК) является очень сложным процессом, особенно в многоклеточных эукариотических организмах. Каждый тип клетки или ткани на специфической стадии развития или под влиянием внеклеточных сигналов экспрессирует характеристический паттерн активированных транскрипционных факторов (ТФ). Внутри ядра клетки эти регулирующие транскрипцию белки связываются со специфическими сайтами связывания в регуляторных районах (промоторах и энхансерах) генов, способствуя их активации или репрессии. Компьютерные методы предсказания сайтов связывания с ТФ на ДНК очень важны для понимания молекулярных механизмов генной регуляции.

Авторами была разработана библиотека, состоящая из трех различных алгоритмов предсказания сайтов, которые базируются на использовании весовых матриц (ВМ), собранных в БД TRANS­FAC, и поэтому предоставляют возможность поиска огромного многообразия различных сайтов связывания с ТФ.

Среди аналогичных программных продуктов можно выделить наиболее известные – SIGNAL SCAN, TESS.

Отличие разработанной авторами библиотеки состоит в том, что она позволяет искать сайты на последовательностях большого размера (вплоть до геномных масштабов), работает на обычном персональном компьютере и предоставляет только инструментарий для разработчика, не поддерживая графический интерфейс пользователя. Кроме того, в библиотеке, помимо простого поиска, реализованы ускоренные алгоритмы, использующие подход заглядывания вперед и перестановки, а также алгоритм, использующий суффиксные массивы для ускорения поиска.

Подробное описание дается в статье «Библиотека для поиска сайтов связывания с транскрипционными факторами», авторы: Горохов Н.А., Черемушкин Е.С.. Парыгин С.В. Стейгмайер Ф. (ООО «Новые вычислительные системы в биологии», г. Новосибирск, Институт систем информатики им. А.П. Ершова СО РАН).