На правах рекламы:
ISSN 0236-235X (P)
ISSN 2311-2735 (E)

Авторитетность издания

ВАК - К1
RSCI, ядро РИНЦ

Добавить в закладки

Следующий номер на сайте

2
Ожидается:
16 Июня 2024

В МГУ им. М.В. Ломоносова создана программа Conclus для анализа данных по структурам молекул белков

02.02.2012

Гидрофобное взаимодействие является одним из основных факторов, определяющих пространственную структуру белковой молекулы. Совокупность неполярных атомов белка, занимающих некоторую область пространства внутри молекулы, – это гидрофобный кластер. Обычно среди гидрофобных кластеров белкового домена выделяется один самый большой, называемый гидрофобным ядром данного домена.

Автоматическое выявление гидрофобных кластеров (в частности, гидрофобного ядра) в заданной пространственной структуре белка или комплекса биологических макромолекул является важной задачей биоинформатики. Для ее выполнения был создан ряд компьютерных программ. В данной работе использована программа CluD. Она принимает на вход файл с пространственной структурой белка в PDB-формате, а также ряд параметров, в том числе список атомных групп, которые считаются неполярными. Программа CluD выдает набор гидрофобных кластеров в этой структуре, причем для каждого кластера приведен список образующих его атомов.

Цель настоящей работы – создание компьютерной программы Conclus для выявления консервативных гидрофобных кластеров семейства родственных белковых доменов и тестирование ее на нескольких семействах белковых доменов.

Известно, что консервативные (то есть сохраняющиеся у всех или у большинства белков семейства) особенности структуры, как правило, наиболее важны с биологической точки зрения. В данном случае можно ожидать, что аминокислотные остатки, принимающие участие в формировании консервативных кластеров, и в первую очередь консервативного гидрофобного ядра, важны для определения укладки доменов семейства.

Подробное описание дается в статье «Выявление консервативных гидрофобных ядер семейств белковых доменов», авторы: Пеков Ю.А., Алексеевский А.В., Спирин С.А. (Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова).